جلس البابا يوأنس على الكرسى المرقسى سنة ١٩٢٩ لاكثر من ثلاثة عشرعاما وتنيح عن عمر يناهز الرابعة والثمانون اسلم الروح يوم الأحد ٢١ يونية سنة ١٩٤٢ م
ونشرت جريدة التايمز اللندنية خبر النياحة وذكرت ان البابا يوأنس كان أكثر ثقافة وتنوير من كثيرين ممن سبقوه وانة كان شديد الغيرة علي التعليم فشجع علي تأسيس كثير من المدارس والكنائس القبطية ووقف الأموال وخصوصا مدرسة اللاهوت التى انشائها في حلوان لتزويد الكنيسه بكهنة دارسين
وفي اليوم التالي أجلس البابا المتنيح علي كرسيه في صدر الكنيسة بالبطرخانة القديمة بالازبكية متشحا بحلته الكهنوتية البيضاء ممسك بيده صليبه الذهبي ورفع باليسري الإنجيل المقدس وبدات توافد الاقباط على البطريركية لالقاء نظرة الوداع على ابيهم المتنيح ...وتوافد كبار رجال الدولة ورئيس الديوان أحمد حسنين باشا مندوب من الملكة نازلي ومندوب عن ولي العهد الأمير محمد علي.. كما حضر رئيس الوزراء مصطفي النحاس باشا ورئيس مجلس الشيوخ وشيخ الجامع الأزهر وعدد كبير من الوزراء ومن رجال السلك الديبلوماسي
وبعد خروج الوفود وإقامة الصلاة تم أنزل جثمان البابا وأودع فى صندوقا ثمينا ووضع معه تاجه وصليبه والكتاب المقدس الذي كان يحمله ثم حمله الكهنة إلي هيكل الكنيسة الصغري حيث وضع بمقبرة الاباء البطاركة
عرف عن البابا يوأنس طهارة السيرة والخصال الحميدة والنسك والزهد وكمال الأخلاق السهر علي مصلحة الكنيسة والعطف علي المحتاجين ومؤازرة ومعاونة الجمعيات الخيرية ومعاهد التعليم ماديًا وأدبيًا وتعضيد المشروعات النافعة التي عادت علي الأقباط بالخير والبركات