انطلقت الحملة المؤلفة من أربعة آلاف جندى فى مراكب نيلية يوم 20 يوليو سنة 1820، بقيادة إسماعيل باشا ثالث أبنائه، سارت الحملة جنوبًا، فانحدرت من أسوان إلى وادى حلفا إلى دنقلة، حيث واجهت المماليك وهزمتهم دون مقاومة تذكر.
ثم واصل الجيش المصرى الزحف، واستولى على العديد من المدن، حتى وصل إلى أم درمان، فاجتازوها وبالقرب منها أسسوا مدينة "الخرطوم" لتكون قاعدة عسكرية للقوات المصرية.
وجه بعد ذلك إسماعيل باشا صهره محمد بك الدفتردار فى حملة لضم كردفان، وفى شهر إبريل من عام 1821 دخل مدينة الأبيض، ليضم بذلك كردفان للأراضى الخاضعة للسلطة المصرية، ثم سار إسماعيل ببقية جيشه لضم مملكة سنار، وقدم ملكها الملك "بادى" ولاءه للجيش المصرى، فدخل المصريون سنار فى 12 يونيه 1821.
وفى أثناء وجود الجيش فى سنار انتشر المرض بين الجنود، فاضطر إسماعيل إلى طلب المدد من أبيه، فأمدّه بقوات بقيادة أخيه الأكبر إبراهيم باشا، واتفقا على تقسيم العمل بينهما، فكانت مهمة إسماعيل الزحف بجيشه على منطقة النيل الأزرق، بينما اتجه إبراهيم لضم بلاد الدنكا واستكشاف أعالى النيل، فواصل إسماعيل زحفه فى منطقة النيل الأزرق حتى وصل إلى فازوغلى فى شهر يناير من عام 1822، أما إبراهيم فأكرهه المرض على العودة إلى مصر.
بدأت الثورات تظهر فى مختلف المناطق بسبب الازدياد المتواصل فى الضرائب التى فرضها إسماعيل على السودانيين، فأمر إسماعيل الملك نمر (ملك شندى) بالمثول أمامه، وبدأ فى تأنيبه واتهامه بإثارة القلاقل، ثم عاقبه بأن أمره أن يدفع غرامة فادحة وألف من العبيد، فأظهر الملك نمر الامتثال، ولم تمض أيام حتى دعا إسماعيل باشا وكبار رجاله إلى وليمة، وبعد أن أثقلهم بالطعام والشراب، أمر بإشعال النار فى المكان، وأمر جنوده برمى كل من يحاول الهرب بالسهام والنبال، فمات إسماعيل ورجاله خنقًا وحرقًا، فلما بلغ محمد بك الدفتردار الخبر، زحف إلى شندى وأسرف فى القتل والسبى، وتعقّب الملك نمر إلا أنه لم يدركه حيث فر إلى حدود الحبشة، وبعد ذلك استقرت الأوضاع فى السودان ودانت لحكم محمد على، وخلال حكم الخديوى إسماعيل، صدر فرمان شاهانى من السلطان عبد العزيز فى مثل هذا اليوم من عام 1866 بدمج السودان إلى مصر فى ولاية عثمانية واحدة.

أهداف الحملة

كانت أهداف محمد على غير المعلنة من تلك الحملة هى

1 - السعى وراء الذهب والماس الذى تناقل الناس أنه موجود فى أصقاع السودان

2 - اتخاذ جنود سودانيين فى الجيش النظامى المصرى لما عرف عنهم من صبر وشجاعة وطاعة، والتخلص من بقية جنود الفرق غير النظامية فى الجيش المصرى التى كانت تثير القلاقل ومصدر متاعب لمحمد على

 3 - السبب الظاهرى لتلك الحملة، فكان القضاء على البقية الباقية من المماليك الذين فروا إلى دنقلة.